骨髓穿刺的后遺癥包括出血、感染、針頭折斷、心血管并發癥等。但一般情況下，骨髓穿刺是安全的。
1.出血
骨髓穿刺的任何部位都可能出血，但更可能在血小板減少癥和/或血小板功能異常者中發生，且常與骨髓增生性疾病相關。如果做完骨髓穿刺后沒有充分的壓迫止血，容易發生術后出血的情況。
大多數情況下，對出血部位人工壓迫即可控制出血；如果繼續出血且患者血小板嚴重減少或者血小板功能異常，可能需要輸注血小板。
2.感染
感染一般較輕微，可局部用藥。免疫功能受損的患者可能發生更嚴重的感染。同時操作人員應注意避免被針刺破皮膚。
3.針頭折斷
骨髓穿刺針可能會折斷，這種情況很少發生。如果發生這種情況，應嘗試用止血鉗取出針體遠側段。如果取針失敗，應請外科醫生會診。
4.心血管并發癥
胸骨穿刺的并發癥很罕見，但有可能產生嚴重后果，故應特別注意。成人胸骨僅1cm厚，易于被完全穿透而造成可能致命的心血管并發癥、心包壓塞、氣胸、肺栓塞、感染及骨侵蝕、變薄或胸骨骨折，但是以上并發癥是相當少見的。
骨髓穿刺若出現后遺癥，應及時到醫院就診，在醫生指導下處理。若有其他疑問，詳情建議就醫咨詢。