克羅恩病是一種病因尚不十分清楚的胃腸道慢性炎性肉芽腫性疾病，治療上以戒煙、飲食調理及藥物治療為主。
治療上，主要目的是控制病情活動、維持緩解及防治并發癥。首先，患有克羅恩病的患者必須戒煙，強調飲食調理和營養補充，一般給予高營養低渣飲食，適當給予葉酸、維生素B??等多種維生素及微量元素。
藥物上需根據病情，選擇氨基水楊酸制劑、糖皮質激素、免疫抑制劑、抗生素、生物制劑等藥物治療方案。若內科治療無效，或存在包括完全性腸梗阻、急性穿孔或不能控制的大出血等并發癥，則需要進行手術治療，本病手術后復發率高。
用藥應在醫生指導下進行。本病可經治療好轉，也可自行緩解。但多數患者反復發作，遷延不愈。其中相當部分患者在其病程中因出現并發癥而手術治療，甚至多次手術，預后不佳。