當發生卡氏非孢子蟲肺炎時,可以通過應用復方新諾明以及卡泊芬凈等特效藥物治療。
第二加強營養支持。第三增強病人的免疫力。第四氣道管理。首先卡泊芬凈和復方新諾明,被證實是治療卡氏肺孢子蟲有效的藥物,但是也要同時監測病人的腎功能。第二加強病人的營養支持,包括保證病人每日的熱量供應,以及蛋白質的供應。第三增強病人的免疫力,通常病人的免疫力低下的時候,如HIV感染以及器官移植術后,應用免疫制藥物的時候,會得卡氏肺孢子蟲肺炎。這時增強病人免疫力,有利于肺炎的控制。第四加強呼吸道管理。包括應用氧氣治療、吸痰、霧化以及呼吸機支持。必要時行氣管鏡檢查及肺泡灌洗術。