通常用的胸腺五肽有兩種規格：一種是1mg/針的，還有一種是10mg/針的，常用的注射方法是每天注射一支。注射多長時間比較合適，取決于病人的原發疾病，如果是腫瘤的病人，可以注射3個月、6個月，都是沒有問題的，只要沒有出現不良反應。像皮疹、過敏問題，可以選擇長期注射。如果病人只是暫時性的免疫力下降，比如病毒性肝炎、急性乙型肝炎、或者慢性乙型肝炎的急性發作，注射1個月左右，基本上也足夠達到調節免疫力目的。對于乙肝的病人，更多的還是要進行抗病毒治療。所以，胸腺五肽只是起到一個輔助的，增強免疫力的作用。一般腫瘤的患者，需要用到胸腺五肽，還有就是乙型肝炎或者是丙型肝炎患者，可以用到胸腺五肽。
總體來說，胸腺五肽是比較安全的，臨床上看到的不良反應，是比較少見的。個別人出現的一些惡心，發熱或者皮疹，發生率都相當的低。如果出現了這些不良反應，確實是跟藥物有相關性，可以考慮暫停。如果沒有不良反應，就像剛才說的，這個療程是因為不同的疾病、不同的人群、不同的方案的一個選擇。
另外，長期使用胸腺肽會不會對身體，自身的免疫力有一個壓制的作用，有的病人就會擔心。長期使用，會不會自身的免疫力就會下降了，從理論上是不會的。但是，隨著人類年齡的增長，胸腺的功能本身是逐漸下降的，所以，年齡增長，免疫力就是逐漸下調的狀態，并不是因為注射胸腺五肽而導致的。