兩者副作用、純度和吸收效果不同。
鹽酸氨基葡萄糖和硫酸氨基葡萄糖相同的作用是治療骨關節炎，改善軟組織和骨的代謝，促進修復軟骨細胞，是骨關節炎比較常用的治療藥物。主要區別有：
1.副作用：長期服用含大量氯離子的鹽酸氨基葡萄糖，對胃腸不利，建議飯后半小時后再服用會比較安全。而且對肝、腎容易造成損害；硫酸氨基葡萄糖中的硫酸根離子是人體內蛋白合成的參與者，故副作用比鹽酸氨基葡萄糖小。
2.純度：由于硫酸氨基葡萄糖為了保持穩定性，必須加入20%左右的鹽酸鹽，這就意味著硫酸氨基葡萄糖的純度最高只能為80%；鹽酸氨基葡萄糖的高穩定性決定了他不用添加任何穩定成分，因此鹽酸氨基葡萄糖的純度更高，也比硫酸氨基葡萄糖更穩定。
3.吸收效果：人體軟骨主要依靠“硫酸根”介導吸收氨基葡萄糖，硫酸氨基葡萄糖有這種“硫酸根”；而鹽酸氨基葡萄糖“硫不含酸根”，含有的是相對不容易被人體吸收的“鹽酸根”。因此，硫酸氨基葡萄糖更容易被機體吸收。