兒童切除扁桃體后一般不會有明顯后遺癥，極少數有可能出現發音異常、食物反流的后遺癥。
扁桃體又稱為腭扁桃體，扁桃體有一對，位于我們口咽部的入口處，呈卵圓形，表面凹凸不平，通常張口后即可看見。正常的扁桃體組織位于我們的扁桃體窩內，表面呈淡紅色。扁桃體是主管我們機體的免疫功能。扁桃體肥大常見于兒童和青少年，隨著年齡的增長，兒童扁桃體免疫功能逐漸活躍，特別是3～5歲時因接觸外界變應原的機會增多，扁桃體顯著增大，此時的扁桃體肥大應視為正常生理現象。但扁桃體過度肥大，將會導致患兒呼吸道梗阻，嚴重者甚至出現低氧血癥，當過度肥大的扁桃體引起了臨床癥狀，影響患者的生活質量時，是可以通過手術切除的方式來改善癥狀的。
扁桃體作為局部免疫器官，具有重要的生理功能。特別是兒童，咽部淋巴組織具有明顯的保護作用。任意切除這些組織將削弱局部組織器官的抗病能力，甚至降低呼吸道局部免疫力，出現免疫監視障礙。故應正確認識扁桃體的生理功能，嚴格掌握手術適應證。4歲以下兒童，如無特殊情況不施行扁桃體切除術。總之，既應反對不論有無適應證，一概加以切除的“手術無害論”，也要反對對慢性發炎的扁桃體采取姑息的態度。對病灶性扁桃體，要結合具體情況加強術前及術后的應對措施。