有約10%的CIN1在2~4年發展成CIN2、CIN3，約1%CIN1可進展為子宮頸癌。
大多數的HPV感染是一過性的，對于免疫功能正常的女性，90%的HPV感染可以在2年后自然轉陰，這可以說是HPV感染最常見的結局。即便是在一些CIN的患者中，如果隨診足夠長的時間，HPV感染也有較高的自然轉歸率。所以，HPV感染不能簡單的等同于腫瘤進展。低危型HPV感染的自然消退率較高，平均感染時間7～8個月，但是高危型HPV的平均感染時間則可長達10~13個月。
可以說，絕大多數HPV感染為無癥狀的一過性感染，組織學上可表現為子宮頸低級別鱗狀上皮內病變（LSIL），即輕度子宮頸上皮內瘤變（CIN1），超過80%的感染可在6~24個月內被機體清除。如果持續感染，則進展為高級別鱗狀上皮內病變（HSIL），即部分中度CIN（CIN2）和重度CIN（CIN3）。有>60%的CIN1會自然好轉，只有約10%的CIN1在2~4年發展成CIN2、CIN3，約1%CIN1可進展為子宮頸癌?？赡苡胁糠諧IN2和CIN3不經過CIN1階段，低于50%的CIN3可進展為浸潤癌。從HPV感染發展到子宮頸癌的時間各有不同，通常HPV持續感染經過10~20年的自然演化發展為癌。