治療小孩拉肚子的藥物有抗感染藥物、助消化藥物、腸道菌群調節劑、腸黏膜保護劑、止瀉藥、止痛藥物等。
1.抗感染藥物：針對細菌感染藥物有阿莫西林、頭孢、甲硝唑等。真菌感染可應用兩性霉素B、氟康唑等。病毒感染的人在醫師指導下服用抗病毒藥物。
2.助消化藥物：多酶片、食母生、乳酶生等。
3.腸道菌群調節劑：益生菌、乳酸桿菌、雙歧桿菌等。
4.腸黏膜保護劑：蒙脫石散等。
5.收斂止瀉藥物：鞣酸蛋白、次碳酸鉍、活性炭等。
6止痛藥物：可以選擇顛茄片、山莨菪堿、普魯本辛、阿托品等，現在使用已明顯減少。
以上藥物可根據患兒的病因、臨床表現和身體狀況，在醫生指導下使用，避免濫用藥物。
小孩出現腹瀉可以使用調節菌群的藥物，還可使用腸黏膜保護劑以及抗分泌治療等。
1.調節菌群的藥物：益生菌口服，如雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、枯草芽孢桿菌等，有助于恢復腸道正常菌群的生態平衡。對于急性水樣腹瀉，可以使用布拉酵母菌、鼠李乳桿菌等。
2.腸黏膜保護劑：能夠吸附病原體和毒素，增強腸道的屏障功能，常用藥物是蒙脫石散，使用此藥建議與其他藥物間隔兩小時服用。可能還會出現輕度的便秘，急性腹瀉患者可以在醫生指導下使用此藥1天，慢性腹瀉患者可以使用此藥2-3天，若癥狀未改善，建議及時就診。
3.抗分泌治療：可抑制腸道水、電解質的分泌，可用于治療分泌性腹瀉。常用藥物有消旋卡多曲，能夠明顯縮短急性碩陽腹瀉患兒的病程，但是此藥不可與紅霉素、酮康唑、利福平等藥物同時使用。
小孩出現嚴重腹瀉時，應及時去醫院就診，以免出現水、電解質紊亂；同時使用以上所有藥物治療時，均應在醫生指導下進行，以免出現不良反應。