口服藥物治療肝膿腫時如果未確定病原菌之前使用廣譜抗生素，常用的三代頭孢（頭孢克肟、頭孢地尼等）聯合甲硝唑或氨基糖苷類（阿米卡星、慶大霉素等）聯合甲硝唑，對于部分病人可以升級高級抗生素（比阿培南）等，藥物的效果因人而異。
1.三代頭孢類（頭孢克肟、頭孢地尼）：對于鏈球菌屬(腸球菌除外)，肺炎球菌、淋球菌、卡他布蘭漢球菌、大腸桿菌有效，是常見的抗生素。
2.甲硝唑：用于治療腸道和腸外阿米巴病(如阿米巴肝膿腫、胸膜阿米巴病等)，還可以用于厭氧菌的感染。
3.氨基糖苷類（阿米卡星、慶大霉素等）：其以抗需氧革蘭陰性桿菌、假單胞菌屬、結核菌屬和葡萄菌屬為特點，由于氨基糖苷類抗生素在發揮抗菌作用時必須有氧參加，所以對厭氧菌無效。
3.比阿培南：治療由敏感細菌所引起的敗血癥、肺炎、肝膿腫、慢性呼吸道疾病引起的二次感染、難治性膀胱炎、腎盂腎炎等。
若確診肝膿腫，請及時就醫，在醫生的建議下規范使用藥物。