治療灰指甲需要分兩個步驟進行治療：
第一、祛除病甲。灰指甲是由于指甲感染真菌，從而導致指甲出現增厚、變色、脫皮以及變性等等表現，及時的去除這些病甲，可以增強局部用藥治療的效果，有利于疾病的恢復。
去除的方法主要是用陳醋或者一些具有溶解角質的藥物治療，然后用指甲鉗盡量的剔除病甲。
第二、局部外用具有抗真菌功效的藥物治療，例如硝酸咪康唑、珊瑚癬凈、復方水楊酸酸樟碘溶液等等。藥物治療一定要按時使用，而且一定要按療程使用，以免影響藥物的治療效果。
灰指甲醫學上稱為甲癬，治療方法包括外用藥物如阿莫羅芬乳膏，口服藥物如特比萘芬等。
1.腳趾甲甲癬是皮膚癬菌、酵母菌等引起的甲板或甲下組織的真菌感染。如果是遠端側位甲下型或者是白色淺表型，常用外用藥物治療。把病甲去除后，外用阿莫羅芬、酮康唑等抗真菌制劑。
2.系統藥物治療為連續口服特比萘芬，也可以使用伊曲康唑間歇沖擊療法。在口服藥物的同時，可以配合使用外用阿莫羅芬等抗真菌的藥物治療。
甲癬患者，建議及時至正規醫院就診，遵醫囑用藥治療，切勿自行使用藥物，以免耽誤病情。