長期大量食用蕨根粉有可能會致癌，但偶爾少量吃蕨根粉，并注意適量補充硒元素，降低蕨根粉中原蕨苷毒性，致癌風險較低。
世界癌癥組織把蕨菜評為2B類的致癌物質，主要是因蕨菜中含有原蕨苷，這是一種天然的毒素，有很強的致癌性，如長期大量食用處理的蕨菜，攝取的原蕨苷過多的，可能會出現基因突變，患食道癌、胃癌等疾病的病風險明顯增多。
蕨根粉是從野生蕨菜的根中提煉出的淀粉，蕨菜根莖部所含的原蕨苷較少，制成蕨根粉后致癌物質的含量會更低，只要不經常大量食用蕨根粉，通常不會致癌。如在吃蕨根粉時還能適量適當補充海藻、魚、蝦、蟹、蛋類、瘦肉、蘑菇、大蒜、大白菜、西紅柿、蘋果、桂圓等食物為身體補充硒元素，能降低原蕨苷的毒性，即使攝取了一定量的原蕨苷，也能將致癌的風險降低。