藏紅花可以興奮子宮、腸道、血管及支氣管平滑肌。對已孕的子宮尤甚，所以孕婦不宜使用。一般大量食用藏紅花會有急性中毒的危險，出現神志萎靡不清，震顫，嚴重者可致驚厥，呼吸先興奮后抑制，以致循環呼吸衰竭，少數病人出現頭暈，皮疹和一過性的蕁麻疹等，引起紅花中毒的主要原因有二，一是誤用，二是用量過大，一次攝取五克以上會有嚴重的副作用，所以大家在飲用藏紅花泡水的時候。一定不可過量，一般兩到三克即可。
藏紅花的副作用尚不明確，但有些人可能會出現過敏、月經量過多等表現。
藏紅花具有活血化瘀，涼血安神等功效，如果身體有出血性疾病服用藏紅花，有時會導致出血加重，過量服用藏紅花也會導致尿血、鼻子出血、牙齦出血等。
藏紅花會刺激胃腸，如果有胃腸道疾病服用容易導致嘔吐、胃腸道出血、腸絞痛、胃痛等副作用。
如果在月經期間服用藏紅花，有時會導致月經期延長月經量增多，妊娠期間服用容易導致流產等副作用，孕婦忌服。建議在醫生指導下選擇藥物治療，避免出現藥物副作用。
藏紅花的副作用包括引起腹部不適、誤食后可發生中毒、導致內分泌失調。
引起腹部不適：表現為腹部不舒服，腹痛、腹瀉，嚴重時導致胃腸出血，腹部絞痛，婦女月經增多，與藏紅花對腸管以及子宮具有興奮的作用有一定的關系。 本身對藏紅花就過敏，食用之后腸胃會更加的不舒服，一定要避免食用。
誤食后可發生中毒：藏紅花能夠起到治療的作用，過量的食用藏紅花會出現中毒的情況。有的會出現神志萎靡、震顫，嚴重者可導致驚厥，呼吸先興奮后抑制、呼吸衰竭，少數病人會出現頭暈、皮疹等，和藏紅花對神經系統的興奮作用和過敏反應有關。
導致內分泌失調：藏紅花作為名貴的藥材，有一定的調理作用，長期的服用對女性的身體健康有一定的損傷，可能會出現內分泌失調，比如月經失調。
藏紅花作為中藥材使用時，一定要嚴格遵照醫囑，能夠起到活血化瘀以及散瘀開結的功效，一定要注意藏紅花中的活血成分，不適合孕婦服用，有流產的風險。