人流后的后遺癥有不完全流產，子宮穿孔，細菌感染，子宮頸或內膜粘連等癥狀。
1.不完全流產，如果手術完成不好，少量蛻膜或絨毛組織殘留于子宮內，可能會影響子宮的收縮，進而造成持續出血或感染等情況。最好再仔細做一次手術清除殘余的組織，必要時宮腔鏡手術。比較容易造成此后遺癥，大多因為子宮的位置或形狀不正常。
2.子宮穿孔，妊娠周數愈大，危險概率愈高；流產次數愈多，穿孔機會也愈大。子宮位置、形狀異常或瘢痕子宮皆有較大的機會造成子宮穿孔；
3.細菌感染，如果器械消毒不完全，或是術者本身未注意衛生，人流術后短期內同房或盆浴，可能造成子宮感染，甚至繼續往上侵犯輸卵管及盆腔，嚴重時會造成日后宮外孕或不孕概率增加；
4.子宮頸或內膜粘連，進而引起月經異常。多發生在子宮擴刮術時，因為該手術可能會導致子宮內膜或子宮頸受傷、發炎，導致術后的子宮頸或內膜粘連，并可能引起月經異常。