一般而言，尖銳濕疣是由于人乳頭瘤病毒感染而引起的一種性傳播疾病，通常表現為人體生殖器官、肛門附近有皮膚黏膜潰爛、長淡紅色丘疹、疣體等，一般會伴有瘙癢、紅腫等不適癥狀。咪喹莫特乳膏作為一種免疫調節劑藥物，能夠有效治療尖銳濕疣，從而對其產生的疣體也有一定治療效果。在這種情況下，患者可以遵醫囑將咪喹莫特乳膏涂抹于患處，能夠有效緩解尖銳濕疣的疣體所產生的不適。
咪喹莫特軟膏治療扁平疣疣一定的療效。
扁平疣是由人乳頭狀瘤病毒感染引起，病毒疣使皮膚表皮網籃狀角化過度伴角化不全，棘層肥厚，表皮上部可見較多空泡細胞，細胞核嗜堿性，顆粒層均勻肥厚。咪喹莫特軟膏為免疫反應調節劑，主要成分為咪喹莫特。在治療部位咪喹莫特能夠在用藥局部在體內、誘生多種細胞因子及相關產物，從而產生免疫調節和間接抗病毒作用，能促進多種細胞因子如白介素IL-1、IL-6、IL-8的產生，提高α-干擾素和腫瘤免疫反應而發揮藥理作用。產生具有針對性的HPV免疫應答，消除HPV感染，此外，咪喹莫特還能夠增強抗原表面細胞對病毒的識別能力，激活細胞活性，增加寡腺苷酸合成酶的活性，起到全面清除皮損部位HPV病毒的作用。對扁平疣有一定療效。