第一就是急癥的手術，包括囊腫的破裂、出血、繼發感染等危及生命的時候，行急癥外科引流手術，切開引流或者是囊袋縫合術，注意要補充水電解質，進行全身治療，在瘺管形成后再行再次手術。
第二就是擇期手術，假性囊腫形成后二到四個月，根據病變的程度范圍選定手術，居于胰尾部可行胰尾脾臟切除。位于胰頭脾部，行囊腫胃腸吻合術、囊腫十二指腸吻合術、囊腫空腸吻合術、吻合口應該足夠大，防止逆流感染。內漏存在時，術前應該清潔膽道和腸道，口服新霉素，同時肌注維生素K，真性囊腫一般與周圍組織黏濁不緊，較易剝離，也可能連同囊腫切除部分胰腺。胰腺囊腫是很嚴重的疾病，一旦確診，需要患者及時治療。