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腸鏡包括有痛和無痛，也與醫院的等級不同而收費標準不同。
首先，有痛腸鏡只用電子內鏡對結腸進行直觀檢查；無痛腸鏡還需要進行全身麻醉，需要增加麻藥費、麻醉醫師的費用和監護的費用，一般會比無痛腸鏡高出1200元左右。一般二甲醫院普通腸鏡在600元左右，無痛腸鏡大約1800元；三甲醫院有痛腸鏡約650元，無痛腸鏡在1900元左右。
各大醫院的腸鏡收費也是需要物價局來核定，不會亂收費。做腸鏡應當選擇正規的大醫院，可以避免感染傳染病。
一般大便長期存在異常的人，例如大便不成形、黑便、大便不盡感、大便變細等癥狀，懷疑是結腸病變時，可以前往醫院進行腸鏡檢查。在做腸鏡時，也可以進行相關的止血、取樣、切除腫物等治療。
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