卵巢巧克力囊腫可以通過手術治療或者藥物治療。
卵巢巧克力囊腫，在臨床上比較多見，如果任其發展，可以長得很大，又叫卵巢子宮內膜異位囊腫。目前的經血逆流學說被大家認可，是因為來月經的時候，子宮內膜碎片隨經血逆流，通過輸卵管進入盆腔種植于卵巢。
每次來月經都可以發生出血，使卵巢增大，形成內含陳舊性積血的囊腫，似巧克力樣的液體，所以稱為巧克力囊腫?？梢圆扇∷幬锘蛘呤中g治療，但容易復發。有生育要求的輕度患者，明確診斷后先行藥物治療觀察。
對于癥狀比較輕微，或者沒有明顯癥狀的巧囊患者，可以在出現痛經的時候，服用非甾體類的抗炎藥，如布洛芬緩釋膠囊、芬那酸，以及萘普生，同時還要促進和指導其盡快懷孕。
病情重者行保留生育功能手術，對于疼痛比較明顯的女性，又無生育要求的患者，就可以考慮服用雌孕激素聯合制劑，或者是孕激素制劑來抑制排卵進行治療，或者可以做巧克力囊腫根治術，一般不會復發。
而對于囊腫大于4厘米以上，又有生育要求的患者，通常就需要行腹腔鏡手術治療。建議及時前往醫院就診，在醫生指導下進一步治療，治療方案因人而異，避免貽誤治療。