芡實和蓮子區別在于藥物來源、功效、作用等。芡實藥用來源為芡的干燥成熟種仁，而蓮子的藥用來源為蓮的干燥成熟種子。芡實益腎固精、補脾止瀉、除濕止帶，可治療遺精滑精，遺尿尿頻等；蓮子補脾止瀉、止帶、益腎澀精等，可治療脾虛泄瀉、帶下、遺精等。
芡實藥用來源為睡蓮科植物芡的干燥成熟種仁，具有益腎固精、補脾止瀉、除濕止帶的功效，可用于遺精滑精、遺尿尿頻、脾虛久瀉、白濁（尿液渾濁如白色漿液）、帶下病癥的治療或改善。
蓮子藥用來源為睡蓮科植物蓮的干燥成熟種子，具有補脾止瀉、止帶、益腎澀精、養心安神的功效，可用于脾虛泄瀉、帶下、遺精、心悸失眠病癥的治療。
芡實和蓮子部分功效、作用相似，但還是存在一些區別，故具體選用哪種藥品應在中醫師的辨證指導下進行，切勿自行盲目使用中藥材，以免造成機體的損傷。