首先，辦理健康證可能需要從身體的一般健康上來做檢查，比如視力情況、聽力情況等。視力不光是視力，包括有沒有色盲，都要做這部分的檢查。所以首先會做五官方面的檢查，眼、耳、鼻、喉相關的五官檢查有沒有異常。
另外還要查有沒有結核，所以通常會做胸片來檢查有沒有胸部結核，同時還要對病人做心臟、肝、膽方面的檢查，抽血查肝功、血糖、生化，證明這個人各方面器官有沒有異常，
第二部分做關于傳染病相關的檢查，包括剛才提到的結核。另外要抽血查有沒有乙肝、丙肝、艾滋、梅毒這樣的法定的一些傳染病，這是辦理健康證所需要的最常規的檢查。同時由于辦理健康證要檢查身體，包括心臟、肺、肝臟的一些器官功能，所以通常需要做心電圖，包括胸片以及腹部的肝、膽、胰，B超檢查有沒有這些器官的一些基礎性的疾病。同時抽血還做血糖的檢查，有沒有糖尿病這樣的基礎疾病。
所以各地辦理健康證沒有特別統一的規定，但是通常都從這幾個方面來做檢查的，包括五官的，包括主要內臟器官心、肺、肝、膽、胃腸及相關傳染病的檢查。
辦理健康證需要的檢查項目通常包括五官、內科、外科以及抽血化驗和糞便常規等，其中以血液類檢查和糞便常規檢查較為常見，以排除如乙肝和腸道類傳染病；由于各地區也有所不同，具體請參照《中華人民共和國預防性健康檢查用表》。
五官的檢查，包含眼科、耳鼻喉科和口腔科，檢查內容包括視力、視覺、聽力以及口腔、鼻咽喉等情況；內科體檢檢查項目一般包括血壓、營養狀態和發育情況，還會進行心肺聽診，腹部觸診、神經系統檢查等判斷有無身體異常；外科檢查主要包括皮膚和淋巴結、甲狀腺、脊柱四肢、胸腹、肛門、直腸和生殖器官等，有無器質性疾病；抽血檢驗包括：血常規、血清生化和傳染病的檢查比如乙肝等看身體多個器官系統是否有疾病存在，糞便常規用于排查痢疾和傷寒等腸道傳染病。
由于辦理健康證的檢查有血液類項目檢測，所以檢查當天需要保持空腹，檢查前建議不要熬夜、飲酒和吸煙以及進食油膩的食物，避免造成對檢查結果的影響。