石菖蒲和水菖蒲的區別主要在于植物來源、功效、部分適應證等方面，具體用藥應遵醫囑。
1.植物來源：石菖蒲是由天南星科菖蒲屬植物石菖蒲的干燥根莖制成的中藥材；水菖蒲為天南星科菖蒲屬植物菖蒲的干燥根莖制成的中藥材。
2.功效：石菖蒲具有豁濕開竅、化濕和胃、寧心益志的功效；水菖蒲具有化痰開竅、除濕健胃、殺蟲止癢的功效。
3.適應證：石菖蒲主治痰蒙清竅、神志昏迷、健忘、失眠、噤口痢、耳鳴、耳聾；水菖蒲主治痰厥昏迷、中風、癲癇、食積腹痛、泄瀉痢疾、風濕疼痛、驚悸健忘、耳聾耳鳴、濕疹、疥瘡。
兩者均應慎用于陰虛陽亢、汗多、精滑的人群。具體用藥應在專科醫師指導下進行，不可擅自用藥。