牙周疾病的治療程序包括以下四個階段：基礎治療、牙周手術治療、正畸修復治療階段和牙周支持治療。
1.第一階段基礎治療：主要進行口腔衛生宣教，潔治術，刮治術已消除齦上及齦下菌斑、牙石，消除局部刺激，拔出無保留患牙，進行咬合調整，漱口水的使用并糾正全身用藥情況或抽煙等不良習慣。
2.第二階段牙周手術治療，基礎治療后仍有5mm以上深牙周袋者建議手術治療，其目的在于直視下徹底清創，以糾正牙齦及骨的外形。
3.第三階段正畸修復治療階段：建立穩定平衡的咬頜關系。
4.第四階段牙周支持治療：定期復查、復治，及時發現問題并解決問題。
牙周病治療流程多時間跨度大，治療的成功與否，一方面在于周密正確的治療計劃和醫師精湛、細致的治療技術，另一方面要求患者的認真配合和持之以恒的自我菌斑控制，兩者缺一不可，否則任何治療都不能維持長久的療效。
想要治療牙周疾病，首先要接受基礎治療。基礎治療可以清潔牙周部位，這樣可以避免牙周發炎。然后就可以進行手術治療，手術能從根本上治愈牙周病，不過有可能會影響牙齒美觀。所以還需要接受下一步的修復治療來補牙修牙，最后只要定期來醫院復查進行維持治療就可以了。