益生菌作為藥物具有緩解急性腹瀉、慢性腹瀉、腸炎、便秘等疾病和癥狀的作用，一般具有調節腸道菌群的功效，但是對微生態制劑過敏的人群禁止服用；但食品規格的益生菌由于劑量規格未達到藥物標準，不具備藥物的功效和作用。
1.益生菌是腸道中的正常有益菌，可以調節腸道內的微生物環境，有利于維護腸道的健康，維持腸道正常的消化和排泄功能。益生菌制劑通常可以緩解多種原因引起的腸道功能紊亂，緩解腹瀉、便秘、消化不良等癥狀。
2.益生菌食品具有一定的營養價值，可以補充腸道所需要的益生菌營養物質。
對于微生態制劑過敏的人群不可以服用益生菌，益生菌的沖調溫度要適宜，一般溫度控制在35-40攝氏度，水溫過涼和水溫過熱都影響益生菌的活性，沖調后要及時服用，放置時間過久也會使益生菌失活。