功能性消化不良的患者需要吃多久的藥沒有準確的療程，主要與患者治療效果有關。部分患者治療兩周后癥狀好轉即可停藥，對于由精神心理因素導致的功能性消化不良可能需要治療3-6個月。
功能性消化不良屬于功能性胃腸病的一種，發病原因主要與胃腸動力紊亂，幽門螺旋桿菌感染，胃酸分泌的異常以及精神心理因素有關。
針對功能性消化不良，主要通過藥物進行調整，比如選擇促胃腸動力的藥物如多潘立酮，莫沙必利等等。有幽門螺旋桿菌感染的患者，需要根除幽門螺旋桿菌治療，通常選擇四聯療法。
服藥的時間與患者的治療效果有關。如果患者治療兩周后，臨床癥狀消失即可停藥，通過調整生活方式進行預防。如果患者是由于精神心理因素導致的功能性消化不良，這部分患者治療的時間可能需要更長一些，最少要3-6個月，嚴重的患者甚至需要精神專科的醫生協助進行治療。
功能性消化不良的患者，需要在醫生指導下根據患者的病情進行系統治療。