功能性消化不良的患者，可以遵醫囑服用促胃腸動力藥物如多潘立酮、抑酸護胃類藥物如奧美拉唑，及促消化的中成藥如保和丸等進行治療，由幽門螺桿菌感染引起者，需進行質子泵抑制劑+鉍劑+2種抗生素的四聯治療。
首先，功能性消化不良多是由于胃腸動力較差所引起，此時患者可服用促胃動力藥物進行治療，臨床上常見的藥物有多潘立酮片、枸櫞酸莫沙必利分散片、鹽酸依托必利分散片等。
其次，功能性消化不良的患者出現胃酸、燒心、胃脘不適的癥狀時，可以服用抑酸護胃類藥物進行治療，常見的有奧美拉唑腸溶膠囊、泮托拉唑腸溶片、雷貝拉唑腸溶片等。
另外，功能性消化不良的患者出現食欲不振、腹脹等癥狀時，可以辨明證型后服用保和丸、健胃消食片、山楂丸等中成藥進行治療。
若是患者感染幽門螺桿菌后出現了消化不良的癥狀時，可以質子泵抑制劑如蘭索拉唑腸溶片+鉍劑如膠體果膠鉍膠囊+2種抗生素如阿莫西林膠囊、克拉霉素緩釋片等藥物進行殺菌治療，青霉素過敏者，可將阿莫西林膠囊改為四環素片。
出現功能性消化不良的癥狀時，需要及時前往專業的消化內科門診進行治療，在專業消化內科醫師的指導下正確用藥治療。