中耳炎手術有一定風險，其風險程度與不同手術有關，主要包括麻醉風險和手術本身的風險。
中耳炎手術多數選擇全麻下手術，全麻風險與全身狀況相關：年齡、心肺功能、肝腎功能都是全麻風險考慮因素，通常身體健康全麻還是比較安全的。手術本身的風險主要與中耳周邊結構和中耳炎的程度相關。
與中耳密切相關的周邊結構包括：位于中耳內側的：面神經管、內耳骨迷路、前方的頸內動脈管、后方的乙狀竇、下方的頸靜脈球及上方的中顱窩底，這些都是手術中可能傷及的結構。
手術損傷會出現面癱、耳聾耳鳴、眩暈、出血、腦脊液漏等，但這些并發癥出現概率不高，與病變的嚴重程度有關。如果本身病變較重，如膽脂瘤已經破壞某處的骨壁，手術中有可能傷及的風險加大，一般正常結構的情況下這些并發癥鮮有發生。
除上述風險外更容易出現的是：術后炎癥復發、術后聽力提高不滿意、移植筋膜不成活、耳鳴等。