腸梗阻最佳治療方法是針對病因治療。
腸梗阻多數需要手術治療，手術方式有多種，包括直接開腹探查手術、腹腔鏡微創手術。如果腸梗阻的原因診斷明確，大部分都可以通過微創手術達到治療的目的，比如常見的腸粘連、腸套疊引起的梗阻，或者腹內疝引起的梗阻，都可以通過腹腔鏡下手術進行治療。但是如果在微創手術探查過程中，發現微創手術達不到手術目的的情況下，應立即改為開放手術的方式進行治療。而一些比較急性的腸梗阻，比如說形成扭轉導致腸壞死，那是需要緊急的剖腹探查手術的。當腸梗阻就醫不及時，已經引起了腸穿孔、或腸壞死，則也需要緊急剖腹探查及修補或切除壞死腸管手術。如果出現了休克，除了緊急剖腹探查外，還要針對休克進行升壓、糾正電解質紊亂、補充血容量等治療。對于麻痹性腸梗阻，則要糾正低鉀血癥等。如果是血管因素引起的，可以進行血管造影及介入治療；血栓因素可以取栓。
其他的治療方法包括糾正水電解質紊亂和酸堿平衡紊亂、胃腸減壓、控制感染和毒血癥、解除梗阻恢復腸道功能。