流腦的傳染源是通過呼吸道飛沫傳播、自身存在腦膜炎奈瑟菌、患有該病患者等。
1.呼吸道飛沫傳播：流腦通常會通過飛沫從空氣中傳播，從而出現密切接觸性傳播，尤其是春秋季室內活動增多，經常會去人群密集地方接觸頻繁，從而會出現流腦傳染。因此要做好呼吸道隔離，通過佩戴口罩或避免到公共場所。
2.自身存在腦膜炎奈瑟菌：腦膜炎奈瑟菌疾病通常是指流腦的病原菌，容易導致出現竇性革蘭陰性雙球菌，而此菌寄居在鼻咽部，通過呼吸道傳播，而引起化膿性腦膜炎、敗血癥等疾病。
3.患有該病的患者：患有該病的患者通常是指患有流腦，流腦是由腦膜炎雙球菌引起的化膿性腦膜炎，容易導致致病菌通過鼻咽部侵入血循環，從而形成敗血癥，但局限于腦膜、脊髓膜等，引起化膿性腦脊髓膜病變。