結腸炎的治療有藥物治療如柳氮磺吡啶等、手術治療如全結腸切除術等。
1.藥物治療：結腸炎的常見治療藥物有5-氨基水楊酸類藥物如美沙拉嗪、奧沙拉嗪、柳氮磺吡啶、巴柳氮等，腎上腺皮質激素類藥物如潑尼松、地塞米松、氫化可的松等，免疫抑制劑如硫唑嘌呤、環孢素A、甲氨蝶呤、6-巰基嘌呤等。癥狀較輕者一般短期治療可治愈，癥狀較嚴重則需長期用藥。
2.手術治療：結腸炎的手術治療一般用于出現不受控制的出血、穿孔等情況下，常用手術有全結腸切除術和回腸J-囊袋肛門接合術等。
治療時應在醫師指導下用藥，不可盲目自行用藥。