嘴邊起水泡，要根據發病的原因采取相應的處理方法。上火所致可以應用清熱去火的藥物治療；單純皰疹病毒感染，則需要口服以及外用抗病毒的藥物；若為天皰瘡，則需應用糖皮質激素類藥物治療。
若嘴邊起水泡是由于上火造成的，可以多喝些溫開水，同時也要服用清熱去火的藥物來治療，如牛黃上清丸、牛黃解毒丸、金銀花顆粒等。服用這些藥物后，體內的火氣會逐漸被消除，改善上火引起的起水泡等癥狀。
若嘴邊的水泡經常復發，考慮是單純皰疹病毒感染引起的，可以口服抗病毒的藥物來治療，如伐昔洛韋片、泛昔洛韋片、阿昔洛韋片等，服藥后可以有效縮短病程。也可以在局部外涂具有抗病毒效果的藥物，如噴昔洛韋乳膏、阿昔洛韋乳膏、重組干擾素凝膠等。
嘴邊起水泡也可能是患上了天皰瘡，這種水泡的皰壁松弛，破潰之后會形成糜爛面，需要口服糖皮質激素類藥物來治療，如醋酸潑尼松片、地塞米松片、甲潑尼龍片等。同時還需要外用糖皮質激素類藥膏，如曲安奈德益康唑乳膏、地塞米松乳膏、丙酸氟替卡松軟膏等。