治療自閉癥一般可以選擇到專業的兒童醫院或大型的省市醫院、三甲醫院，以及一些專科醫院，如地方精神病院、腦科醫院、兒童心理衛生所等。
根據醫院設置，可選擇掛心理科、兒童保健科、心身醫學科、精神衛生科、精神科等，有一些醫院的神經內科也會對自閉癥孩子進行診治。
如果去兒童專科醫院，有些醫院會設置專門的自閉癥門診。每一個醫院設置的科室命名不一樣，可以到了該院之后選擇導診臺問診，由導診臺的工作人員對就診的科室進行分診。
目前治療自閉癥的方式很多，主要分為中醫，西醫，干預治療三大類。中醫治療方式主要有針灸、經絡穴位按摩、中藥、膳食療法等；西醫治療主要是使用抗精神病藥物進行生物醫學干預；干預治療是對自閉癥患者副作用最小的治療手段。
在出現自閉癥早期癥狀時及時就醫，同時從生理，心理，社會三個層面進行干預治療。
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