十二指腸潰瘍的治療需要使用抑酸藥、抗酸藥和黏膜保護劑聯合治療，必要時還需根除幽門螺旋桿菌，沒有效果最好的藥，應該選擇合適的藥物進行規范的治療。
十二指腸潰瘍的發生和胃酸分泌過多有關，因此抑酸藥是治療的基礎，常用的抑酸藥包括質子泵抑制劑（如奧美拉唑、雷貝拉唑等）和H2受體拮抗劑（如法莫替丁、雷尼替丁等），兩類藥物都可以起到治療作用，可結合個人的耐受性進行選擇。
十二指腸潰瘍的主要癥狀為腹痛，可應用抗酸藥中和胃酸，達到快速緩解疼痛的作用，常用的抗酸藥包括鋁碳酸鎂、氫氧化鋁凝膠等，這些藥物效果差異不大。抗酸藥也是一種粘膜保護劑，能促進前列腺素合成、刺激黏液分泌，起到保護十二指腸黏膜的作用。其他的黏膜保護劑如米索前列醇、枸櫞酸鉍鉀等。
十二指腸潰瘍經常合并幽門螺旋桿菌感染，此時需要進行根除幽門螺旋桿菌，常使用兩種抗生素聯合質子泵抑制劑和鉍劑治療，如阿莫西林、甲硝唑、奧美拉唑、果膠鉍等，具體選擇何種抗生素需結合個人健康狀態和當地耐藥情況進行選擇。
十二指腸潰瘍需使用上述藥物進行綜合治療才能發揮較好的效果，建議在醫生的指導下選擇合適的藥物進行治療，避免自行用藥導致不良反應。
十二指腸潰瘍的常用藥物包括法莫替丁、雷尼替丁、奧美拉唑、雷貝拉唑、鉍劑、鋁碳酸鎂、克拉霉素、阿莫西林等。但是，治療應遵循個體化原則。沒有所謂“最有效”的藥，遵醫囑使用合適的藥才是最好的。
1.法莫替丁、雷尼替丁屬于H2受體抑制劑，奧美拉唑、雷貝拉唑屬于質子泵抑制劑（PPI），兩類均可抑制胃酸分泌。鉍劑和鋁碳酸鎂是黏膜保護劑，抵抗胃酸、胃蛋白酶對黏膜的損害。克拉霉素、阿莫西林等抗菌藥物可用于殺滅幽門螺桿菌。
2.由于不同藥物有其各自的適應證、禁忌證及不良反應，醫生會根據病人的情況選擇適宜的藥物進行治療。患者需注意，用藥要遵醫囑，按劑量、按時吃藥，不可隨意停藥。