1、發行公司的區別：紅籌股和H股都是和中資企業息息相關的股票，紅籌股基本由內地在境外的窗口企業或在境外控股，還有收購已上市的外資企業構成；而H股，則由內地的企業構成。
2、注冊地的區別：雖然紅籌股和H股都在港股上市，但紅籌股的注冊地在境外，H股的注冊地在境內。
3、監管的區別：上市紅籌股在國內需要向證監會備案和出具報告，遵守香港法規，受香港證監會監察；H股公司需要同時遵守內地和香港的法律法規，受兩個監管體系的監管。
4、增發新股的區別：紅籌股增發新股，標準以港股規定的為依據，而H股增發新股，就要同時受到證監會、港監會、港交所多方的審批核查，且發行量有限。
5、認股權的區別：持有認股權的人有權按合約規定的價格購買上市公司股票，認股權證由公司發行，常作為一種激勵手段。紅籌股中認股權一般是報酬型的。H股的認股權，則基本沒有，主要也是因為注冊地在境內，其一是境內股東持有的內資股無法在港股上市，其二是想要增發H股需要多方核準，且增量不會太大，而對員工而言行使H股的權益涉及到境外投資，同樣操作繁瑣，一般直接用現金方式替代了。
主要來講，發行紅籌股有著便捷性相對較高，企業一般無需境內監管機構的審批，在境外上市后的融資活動靈活且相對自由等優點；發行H股按國內相關申報制度來的，國內企業會更熟悉，而且證監會對H股上市有政策扶持，手續相對直接，上市需要時間短。兩類股票雖然有著各自不同的“出身”，但都是為了實現籌資融資，幫助企業經營發展。