短效避孕藥常見的副作用包括:類早孕反應;陰道不規則出血;月經變化;神經系統癥狀以及體重增加，皮膚色素沉著等。大多數副作用在服藥一段時間后可以消失，有些副作用則在停藥后逐漸消失。
由于都是雌孕激素制劑，長效口服避孕藥的副作用和短效避孕藥的副作用相似。長效口服避孕藥的藥量大，初服者會出現較明顯的頭暈、嗜睡、乏力、惡心、嘔吐等類早孕反應，并有23%的患者出現白帶增多。為了減輕這些反應，宜在午飯后服藥，并可以在頭三次服藥時加服避孕藥反應抑制片。
緊急避孕藥是在用常規避孕方法失敗后而采取的一種緊急避孕措施，是用大劑量藥物抑制卵巢功能．從而控制排卵，并產生避孕效果通常來講，緊急避孕藥的藥劑量是常規避孕藥的十多倍，如此大的劑量必然會對服用者的內分泌和激素分泌造成很大的干擾。在一個月內，服用緊急避孕藥不能超過1次，一年內服用不要超過3次，久服這種避孕藥，會干擾女性卵巢功能，嚴重者會造成不孕。此外，值得特別注意的是，緊急避孕失敗而妊娠者，新生兒畸形發生率比較高，必須終止妊娠，緊急避孕藥含的激素量大，經常使用，還潛在一定的致癌危險。