臨床上用全蝎主要治療神經方面的疾病，比如腦出血或腦梗塞患者出現的口眼歪斜癥狀，以及中風者出現的半身不遂，全蝎能夠起到息風解痙的作用。其次就是治療小兒癲癇引起的抽風、痙攣、抽搐、口吐白沫等癥狀，全蝎能夠通絡止痛、息風鎮痙。另外，全蝎還可治療風濕性疾病，比如老寒腿、類風濕性關節炎等疾病，全蝎可以起到通絡止痛的作用。最后，全蝎還可以用于治療瘡瘍和瘰疬，因為它有攻毒散結的作用。
全蝎含多種營養成分，具有祛風除濕(祛除停留在經絡、肌肉、關節等部位的風濕邪氣)、止痛、解毒的功效，治療破傷風抽搐、頭痛腰腿疼、淋巴結核、癰疽、中風口眼歪斜等，對癥用藥前提下能收到較好療效。
全蝎息風鎮痙、通絡止痛(疏通經絡，緩解疼痛)、攻毒散結。能治療破傷風引起全身抽搐，可以和姜蠶、蜈蚣一起使用，鎮靜，解除抽搐痙攣，效果較好。治療頭痛腰腿疼，搭配草烏、乳香，祛風除濕止痛，效果明顯。
治療中風口眼歪斜，搭配姜蠶、白附子，有鎮定祛風作用，是中風最常用的藥物之一。
全蝎藥用價值非常高，也是一種重要的保健藥品，不過也有很多副作用和很強的毒性，孕婦禁用。使用全蝎的劑量不宜過大。大量食用會引起頭痛、頭暈、高血壓、心悸、易怒，嚴重的甚至死亡。
所以全蝎治病要在醫生指導下使用。