宮外孕手術根據進腹腔方式分為兩種，傳統的開腹手術和腹腔鏡手術，或保留輸卵管和切除患側輸卵管兩種方式。
保留輸卵管，也叫手術保守治療，即開窗治療，就是在輸卵管妊娠處開窗，擠出胚胎，然后再將該處輸卵管縫合起來。從而可達到既去除病灶，又保留輸卵管的目的。又可以避免藥物保守治療可能造成的胚胎原位極化堵塞輸卵管，對有生育要求的人來說，是很好的治療辦法。但是，此種方式有再次宮外孕的可能。
切除患側輸卵管是將發生宮外孕的輸卵管全部切除，比較徹底，但是患者以后就只有一側輸卵管了。
手術具體怎么做取決于患者hCG值的多少，當hCG值特別高或明顯盆腔內有包塊或輸卵管上有孕囊，內出血不多時，一般做腹腔鏡手術治療，優點是微創，患者恢復快，另外對于患者下一次妊娠也有幫助，對于盆腔的干擾比較少。如腹腔出血較多，患者失血性休克，病情比較危重時，建議開腹手術，以便迅速找到包塊，破裂口，盡快止血，挽救生命。腹腔鏡手術費用比較高，但是恢復較快。