長期腹瀉的原因包括慢性感染性疾病、非感染性疾病、胃動力方面的疾病、腫瘤性疾病和肝膽胰腺的疾病等。
（1）慢性感染性疾病：會引起長期腹瀉的慢性感染性疾病常見的有：慢性阿米巴痢疾、慢性細菌性疾病和腸道念珠菌感染性疾病等。
（2）非感染性疾病：有些非感染性疾病，也會導致患者長期腹瀉。比如：結腸克羅恩病、放射性結腸炎、潰瘍性結腸炎、缺血性結腸炎、尿毒癥性結腸炎等等。
（3）胃動力方面疾病：胃動力方面的病主要是腸易激綜合征，這種疾病也會引起患者的長期腹瀉。
（4）腫瘤性疾病：腸道有腫瘤時也會使得患者長期腹瀉。比如：大腸癌、結腸腺瘤、小腸惡性淋巴瘤，以上疾病都有可能引起長期腹瀉。
（5）胃和肝膽胰腺疾病：如果患者存在諸如萎縮性胃炎、慢性肝炎、慢性胰腺炎等病癥，也能導致患者產生長期腹瀉。
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