企業在國家規定的基本養老保險之外，根據自身經濟實力，專門為本企業職工建立的附加保險，即是企業補充養老保險。匯算清繳的補充養老保險是指在企業所得稅匯算清繳過程中，對職工進行的補充養老保險扣除和納稅等一系列操作。
補充養老保險費和補充醫療保險費
根據《企業所得稅法實施條例》第三十五條第二款規定，企業為投資者或職工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在國務院財政、稅務主管部門批準的范圍內，可以作為企業所得稅的扣除項目。企業納稅人可以在企業所得稅匯算清繳時，對這些費用進行扣除。
扣除范圍
在企業所得稅匯算清繳期間，個別企業為職工繳納的補充養老保險將被計入企業的所得稅扣除項目之中。此外，職工基本養老保險費（單位承擔部分）可以全額稅前扣除，補充養老保險費按繳費基數不超過5%的部分可以稅前扣除，而個人繳納的養老保險費則按繳費基數不超過2%的部分扣除。
留存備查資料
企業在享受相關政策的同時，還需要留存備查資料。在企業所得稅清算過程中，企業應該根據《目錄》列示的資料清單準備主要留存備查資料，并且對其他留存備查資料進行自行補充準備，以保證相關政策的實施。
優化服務
2019年，國家稅務總局推出了系列優化服務，以便更好地幫助企業實施所得稅綜合所得的匯算清繳。在此基礎上，不同年度的政策和措施也在不斷更新和完善，在企業的所得稅匯算清繳過程中，可以隨時獲取最新的政策和措施。
補充養老金和企業年金
補充養老保險及補充養老金，后來更改為企業年金，可以說是一種基金，是一種長期的險種。現在我國的職工基本上都有社保的基本醫療保險和基本養老保險，其中有少部分人在企業年金上進行了投入。企業年金不僅可以幫助職工養老，也可以幫助企業吸引和留住人才，提高企業整體發展水平。
補充養老保險在企業所得稅匯算清繳中扮演著重要的角色。企業應該正確理解政策和措施，嚴格按照規定進行操作，同時合理運用這一政策引導企業的發展，為職工養老提供更好的保障。