支付寶欠款一萬多逾期三年，在訴訟時效剛好到期的時間內，支付寶沒有起訴用戶，那么之后也不會起訴用戶。由于貸款逾期的起訴時效為3年，用戶的貸款已經逾期三年，在逾期的期間支付寶都沒有起訴用戶，之后支付寶也只會以催收為主，而不會起訴用戶。
支付寶的欠款有花唄、借唄、備用金，其中花唄與借唄的逾期記錄會上征信，備用金的逾期記錄不上征信。已經逾期三年，逾期記錄上征信會直接形成征信污點，征信有了污點，后續將無法辦理其他信貸業務，并且還會影響用戶的日常生活。
至于備用金逾期時間滿三年，那么只會影響用戶的芝麻信用，導致芝麻信用分被降低，并且逾期未還款的狀態，用戶會無法使用花唄與借唄。
用戶的貸款逾期三年，向貸款機構申請協商還款，可以申請只歸還貸款本金，但是貸款機構是否同意用戶只歸還本金，要以貸款機構的答復為準。一般來說，貸款申請協商還款，貸款機構會減免部分逾期利息，但是貸款本金與貸款利息，通常會要求用戶歸還。
因此，協商只歸還本金成功的概率非常低，如果貸款機構拒絕用戶只歸還本金，用戶可以再嘗試申請減免部分利息、逾期利息，這樣也能降低還款的壓力。貸款機構如果直接減免貸款利息、逾期利息，那么用戶就只需要歸還貸款本金，還清欠款后，逾期記錄在5年以后會自動刪除。
至于用戶沒有還清逾期的欠款，或者沒有按照貸款機構的要求還款，則逾期記錄會一直保留。逾期記錄一直保留，會導致個人征信不良。