治療真菌感染不存在最有效的藥，只有適合不適合的抗真菌藥。臨床上常用的抗真菌藥物包括多烯類（制霉菌素）、三唑類（伏立康唑）、棘白菌素類（卡泊芬凈）、氟化嘧啶類似物（氟胞嘧啶）等。
1.多烯類抗真菌藥：如制霉菌素，主要用于治療皮膚、黏膜、腸道和陰道的假絲酵母菌等感染。
2.三唑類抗真菌藥：如伏立康唑，主要用于侵襲性曲霉菌、假絲酵母菌、尖端賽多孢子菌和鐮刀菌屬引起的嚴重真菌感染。
3.棘白菌素類抗真菌藥：如卡泊芬凈，主要用于治療念珠菌血癥、念珠菌引起的腹腔感染和胸腔感染、食管念珠菌病，以及難治性侵襲性曲霉菌病。
4.氟化嘧啶類似物抗真菌藥：如氟胞嘧啶，主要用于治療敏感假絲酵母菌引起的心內膜炎、尿路感染等，以及隱球菌引起的腦膜炎、肺炎等侵襲性感染。
治療真菌感染不存在最有效的藥，患者如存在真菌感染，應及時就診，明確診斷，在醫生指導下治療。