殺幽門螺桿菌的最好最有效的方法是采用四聯療法。
目前推薦鉍劑四聯作為主要的經驗性根除幽門螺桿菌的方案。包括鉍劑、質子泵抑制劑、兩種抗生素，經典鉍劑四聯方案如：由質子泵抑制劑、鉍劑、阿莫西林以及克拉霉素組成。
對于第一次根除治療失敗的患者，醫生可在半年后在剩余的治療方案中選擇另一種進行補救治療，對多種抗生素耐藥者治療前可以做藥敏試驗來選擇敏感的抗生素，對于反復治療失敗的患者需要繼續治療時，醫生會對患者進行個體化整體評估。
一般通過醫生指導下規范的根除幽門螺旋桿菌的藥物治療，幽門螺桿菌感染可以治愈，但如果不注意飲食衛生和生活習慣，仍可以再次感染。
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