頭孢菌素和克林霉素都屬于抗生素，這兩類藥物的作用機制是不同的，抗菌譜也是有差別的。克林霉素主要是對陽性菌的感染效果比較好，因此可以用于呼吸道的感染、皮膚軟組織的感染以及手術切口的感染、預防感染。頭孢菌素其實是一個非常大的類別，里面包括頭孢一代、頭孢二代、頭孢三代、頭孢四代，四代不同的頭孢菌素抗菌譜也是不同的。
頭孢一代主要是對陽性菌的活性比較好，頭孢二代是略有一些陰性菌的活性，但是還是主要針對陽性菌。頭孢一代和頭孢二代可能更適合用于上呼吸道感染、皮膚軟組織感染，而且適合用于比較輕型的感染，也可以用于手術的預防感染。自頭孢三代開始，對陰性菌的抗菌活性是增強的，可以用于呼吸道的感染、腹腔的感染，泌尿道、生殖道等有陽性菌、陰性菌的混合感染。頭孢三代可能對陰性質的感染活性是更強，也可以用于這些中度的感染。頭孢四代的抗菌譜是更加強大，一般用于重度的感染，因此頭孢和克林霉素沒有明確的絕對好壞，要看適合的疾病，要根據所得的疾病來選擇抗生素，抗生素的選擇也是由醫生來決定的，需要根據疾病、機體狀況來合理的選擇抗生素，因此頭孢和克林霉素哪個好，這個是沒有明確的定論的，要根據疾病來確定。
克林霉素和頭孢都屬于抗生素，但它們針對的敏感菌不同，可以說是各有所長。
要想抗生素療效好，找對敏感菌，合理使用是關鍵，克林霉素最主要的特點是對各種厭氧細菌抗菌作用強大。
臨床上主要用來治療厭氧菌導致的腹腔、婦科和口腔科的感染，治療敏感的需氧細菌主要是革蘭氏陽性球菌導致的呼吸道感染、骨和軟組織感染、膽道感染以及心內膜炎，敗血癥等，尤其是由金黃色葡萄球菌感染導致的骨髓炎。
頭孢是頭孢類抗菌藥的總稱，常用的約30種，按其發明年代的先后和抗菌性能的不同分為一、二、三、四代，在臨床使用較為廣泛。不過切勿在飲酒前后使用，否則極易出現休克、暈厥，甚至會有生命危險。