第一就是急癥的手術，包括囊腫的破裂、出血、繼發感染等危及生命的時候，行急癥外科引流手術，切開引流或者是囊袋縫合術，注意要補充水電解質，進行全身治療，在瘺管形成后再行再次手術。
第二就是擇期手術，假性囊腫形成后二到四個月，根據病變的程度范圍選定手術，居于胰尾部可行胰尾脾臟切除。位于胰頭脾部，行囊腫胃腸吻合術、囊腫十二指腸吻合術、囊腫空腸吻合術、吻合口應該足夠大，防止逆流感染。內漏存在時，術前應該清潔膽道和腸道，口服新霉素，同時肌注維生素K，真性囊腫一般與周圍組織黏濁不緊，較易剝離，也可能連同囊腫切除部分胰腺。胰腺囊腫是很嚴重的疾病，一旦確診，需要患者及時治療。
治療胰腺囊腫，先要區分到底是什么類型。
如果胰腺炎后胰腺假性囊腫，先要根據假性囊腫形成的時間以及是否跟胰管相通來決定治療方式。絕大多數胰腺假性囊腫，通過保守治療，會慢慢縮小。如果沒引起任何癥狀，不需特殊治療，只需動態觀察即可。
而對于胰腺假性囊腫跟主胰管相通的假性囊腫，是沒有辦法自己消退的，而且可能會越來越大。此時需進行假性囊腫內引流，可以進行手術內引流或說是內鏡下內引流。
對于胰腺囊性腫瘤，先要明確是單純性的胰腺囊腫，還是胰腺囊性腫瘤。
如果單純性的胰腺囊腫，在沒有任何癥狀的情況下，可以選擇動態觀察。而如果囊腫比較大，對鄰近的器官產生了壓迫癥狀，需進行手術的切除。
而對于懷疑不是單純性的胰腺囊腫，可能其他類型胰腺囊性腫瘤的情況，要積極手術治療，比如黏液性囊腺瘤，胰腺導管內的乳頭狀瘤或胰腺實性假乳頭狀瘤，都可能惡變，因此需盡早手術切除。