公積金貸款還款日余額不足只扣了一部分，可以用以下方法來解決問題：
1、進行主動還款操作
公積金貸款還款日當天，如果系統只扣除了待還款金額的一部分，那么剩余待還款的部分金額用戶可以選擇主動還款。由于系統發起自動扣款后，扣款資金不滿足本期應扣款金額，系統并不會立即發起第二次扣款。在系統發起第二次扣款之前，用戶可以選擇主動還款。主動還款的好處在于可以在系統自動扣款之前完成還款，這樣可以確保本期公積金貸款按時還款。
主動還款通常是通過手機銀行、網上銀行進行主動還款操作，是否還款成功要以頁面的展示為準。公積金貸款按時還款可以積累良好的信用記錄，良好的信用記錄可以幫助用戶提升個人綜合信用評分，從而提升貸款審核通過的概率。
2、等待系統自動扣款
系統在公積金貸款還款日當天會發起多次扣款，每次扣款會間隔一定的時間。首次發起扣款，系統只扣除了部分還款金額，那么間隔一段時間后系統會發起第二次扣款。用戶可以選擇將剩余待還款的部分金額存入銀行卡中，之后耐心等待系統發起自動扣款。只要用戶的還款銀行卡狀態正常，那么系統可以成功扣款。扣款成功后，用戶的銀行卡余額會發生變化，用戶可以通過查詢銀行卡余額來了解是否扣款成功。
雖然系統會在還款日當天發起多次扣款，但是如果用戶無法確認系統具體的扣款時間，為了避免貸款逾期，建議用戶在系統扣除部分待還款金額后選擇主動還款。用戶能夠確認系統自動扣款的時間，則將剩余待還款資金存入銀行卡中，耐心等待系統再次扣款即可。
公積金貸款還款日當天，系統只扣除了部分還款資金并不會直接導致公積金貸款逾期。只要在公積金貸款還款日當天，用戶還清了當期應還款金額，主動還款或者自動還款，都會被銀行認為是正常還款。只要是正常還款，那么就不會產生逾期記錄與逾期利息。
如果車抵押貸款逾期被起訴了，將會產生如下不良影響：
一、產生逾期費用
貸款經辦銀行/貸款機構將從逾期那一天起開始按日計收逾期罰息，一直到欠款全部還清為止。而借款人拖欠的時間越久，屆時累積的逾期罰息就會越來越多，還款壓力也就會越來越大。
二、上報央行征信
逾期情況會被貸款經辦銀行/貸款機構上報到央行征信上去，在借款人的個人征信報告里留下不良記錄（注意征信上的逾期記錄即使在之后還清欠款也不會馬上消除，而是會繼續保留至少五年時間才可能被刪除）。
三、影響后續借貸
由于個人信用因逾期受損，所以后續去銀行或者其他持牌消費金融機構辦理信貸業務難免都會受到一定阻礙，因為審批過程中查詢征信是必經環節，一旦審查發現申請者的信用有問題，勢必會拒絕批貸。且由于信用一般很難快速修復好，因此估計后續一段時日內都無法貸款了。
四、被不停催款
貸款經辦銀行/貸款機構一開始會發短信、打電話給借款人本人進行催款，若聯系不上借款人，則有可能會根據借款人當初辦貸時留在申請表上的緊急聯系人電話聯系其親友。
五、被起訴到法院
如果逾期有相當長的一段時間，而貸款經辦銀行/貸款機構多次催款借款人都沒反應，欠款金額又頗高的話，那為了收回款項，就有可能采取法律手段，向當地人民法院起訴借款人。
注意起訴后若經法院判決仍不還，還將造成如下后果：
1、銀行卡被凍結
屆時法院會強制執行，劃扣其中資金用以抵償欠款。
2、抵押車輛被收回
法院會將車輛進行拍賣，然后用拍賣所得資金來償還欠款（若償清貸款后還有剩余，則會將剩下的款項退給借款人；而若所得資金尚不足以抵償清貸款，那剩下的貸款依然需要借款人負起還款義務）。
3、被列為失信人
若被法院發現明明有還款能力卻拒不履行還款義務，多半會被列入失信被執行人名單當中，屆時日常生活消費、出行等多方面都會受到限制，比如：
1）名下資產被扣押。
2）不得在星級以上賓館、酒店、夜總會、高爾夫球場等場所進行高消費。
3）不得購買不動產或者新建、擴建、高檔裝修房屋。
4）不得租賃高檔寫字樓、賓館、公寓等場所辦公。
5）限制旅游、度假、出境。
6）不準炒股、支付高額保費購買保險理財產品。
7）不能乘坐飛機、列車軟臥、輪船二等以上座位，以及G字頭動車組列車全部座位和其他動車組列車一等以上座位。
8）子女不得就讀高收費私立學校。
面對車抵押貸款逾期被起訴，若不想造成如上不良后果，建議采取如下應對措施：
1、趕緊將逾期欠款還清，只要法院尚未受理，屆時貸款經辦銀行/貸款機構自會撤訴。
2、若一時還不上，建議主動聯系貸款經辦銀行/貸款機構說明自己當下暫不具備還款能力的情況，嘗試協商延長還款期限、分期償還欠款。