腸鏡檢查前需要喝瀉藥，檢查前三天盡量吃一些少渣、纖維素少的食物。檢查前一天晚上6點，要喝兩袋瀉藥，即聚乙二醇4000散。檢查當天早上6點再喝一袋瀉藥。
腸鏡檢查時采取左側臥位，從肛門進鏡直至回腸末端進行檢查。如果有疾病，需要做活檢。如有需要，要按照醫生的指引改變體位。
檢查后注意不能做高危工作，尤其是駕車或者是談重要業務。
腸鏡分為普通腸鏡和無痛腸鏡，無痛腸鏡與普通腸鏡的區別在于無痛腸鏡是在麻醉或鎮靜下完成，患者無腹脹、腹痛、腹部不適等異常感覺。做腸鏡檢查前2-3天均需進行低渣飲食，如粥、粉、面等，切勿食用蔬菜、水果；檢查前1天需服用瀉藥，將腸道徹底清潔；檢查時是通過一根軟管插入肛門，對整個大腸和回腸末端進行檢查。
做腸鏡的流程大致可分為前、中、后三個階段。
做腸鏡檢查前三天需要進食易消化食物，并且在檢查當天禁食，服用瀉藥來將腸道清理干凈，以免影響檢查。
檢查時腸鏡經肛門進入，從直腸進入乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸，最后進入回腸，檢查整個腸道狀態，當出現可疑部位再進行詳細的檢查，或者進行活檢。
檢查后需要根據檢查的結果進行判斷，在醫生的指導下看需要注意什么以及是否需要進行治療。